Refugium là hồ lọc phụ cho hồ cá biển, cung cấp một môi trường biệt lập với hồ chính, dùng để phát triển rong tảo, và các vi sinh vật có lợi như copepods, amphipods.
 
Cách thức hoạt động của refugium: Cung cấp ánh sáng thích hợp cho rong tảo phát triển để hấp thụ nitrate, phosphate. Một mảnh đá sống có thể được sử dụng làm chỗ gắn cho rong, vi sinh trong đá sống cũng góp phần loại bỏ nitrate thông qua quá trình khử nitơ tự nhiên. Ngoài ra, refugium cũng là môi trường sống cho amphipods, copepods và các vi sinh vật có lợi làm thức ăn cho cá và san hô.

Ban đầu, nhiều người chơi cho rằng refugium cần có kích thước tương đương với hồ chính. Thực tế trong quá trình sử dụng thì refugium không cần tới kích thước lớn như vậy để phát huy hiệu quả. Có nhiều loại refugium như đặt sẵn trong hồ, treo phía sau hoặc tích hợp trong hồ lọc. Việc đầu tiên bạn cần làm là chọn ra loại thích hợp cho hồ cá của mình, sau đó chỉ cần thêm đèn, rong tảo, một ít đá sống, có thể là cả cát nền – và bạn có hồ lọc phụ refugium.

Lựa chọn rong tảo: Quan trọng nhất là phải chọn được loại rong thích hợp. Nhiều người chơi đã lựa chọn rong cheato với các ưu điểm là phát triển nhanh, thu hoạch dễ dàng, cung cấp môi trường sống lí tưởng cho các vi sinh vật có lợi. Ngoài ra tảo Halymenia hay Dragons Breath cũng khá được người chơi ưa chuộng do phát triển nhanh và cả tính thẩm mỹ.
 
Tảo Caulerpar cũng là sự lựa chọn thường thấy, nhưng chúng đi kèm với một số rủi ro: Caulerpar có sức sống mãnh liệt khiến chúng có thể cạnh tranh về ánh sáng, không gian với các loại rong tảo khác trong hồ lọc phụ. Chúng cũng có khả năng phát tán bào tử lên cả hồ chính của bạn.
 
Ánh sáng thích hợp:
Rong tảo cần ánh sáng để phát triển. Nhiều người chơi đã rất thành công với bóng đèn có nhiệt độ màu 6500K.
 
Một trong các lợi ích khác của refugium là bạn có thể dùng nó để ổn định pH trong hồ, chỉ cần bật đèn trong hồ lọc phụ đối nghịch với chu kì chiếu sáng trong hồ chính. Vào buổi tối, khi quá trình quang hợp kết thúc, các loại tảo không sử dụng CO2 nữa khiến cho nồng độ CO2 hòa tan trong nước tăng dẫn đến pH giảm. Khi bạn chiếu sáng refugium trong thời gian này, rong tảo trong hồ lọc phụ sẽ tiếp tục sử dụng CO2 và làm giảm sự dao động pH. Sự ổn định pH này giúp san hô của bạn khỏe mạnh hơn.

Dinh dưỡng được rong tảo hấp thụ có thể nhả ngược lại hồ chính nếu chúng chết đi. Khi rong tảo phát triển mạnh, một điều quan trọng là cần thu hoạch định kỳ. Điều này giúp cho các dinh dưỡng đã hấp thụ được loại bỏ hoàn toàn, tạo chỗ trống cho rong tảo mới phát triển thêm để tiếp tục quá trình giảm tải NO3-PO4.

Gây giống copepods trong hồ refugium mang lại nhiều lợi ích, đặc biệt với những hồ cá mới thiết lập, và với những người chơi nuôi cá trạng nguyên ( mandarin fish).